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本所編制設所長室、生物組、工程組、化學組、產業資訊組、總務課、人事、會計及政風等部門。主要部門簡介如下  

（一）生物組：任務為配合公司農業經營處、各事業部及區處進行農業生產技術開發與改善，並提供技術服務。研究方向包括機能性作物品種篩選與種苗培育、作物優良農業栽培規範(Good Agricultural Practice, GAP)建立、環境友善耕作技術建立及農業廢棄物資源再利用技術開發等。主要技術領域包括作物品種選育、組織培養技術平台、植物病蟲害整合防治、土壤及營養管理、有機質肥料及微生物肥料開發等。藉由垂直及平行整合上述農業相關技術，建立最適化商業生產模式，並經由示範推廣應用於有機產業或健康安全農業生產。  

（二）工程組：以開發量產製造程序為主要任務，並提供台糖公司事業部技術服務。工程組承接化學組或生物組開發成果，利用化學工程技術進行製造程序之設計，試驗中間工廠（pilot plant）提供醱酵製程與分離純化製程放大所需之硬體設備。目前設備包括6000公升體積之微生物生物反應器兩座，100-700公升生物反應器4座，周邊分離設備等。  

（三）化學組：以化學及生物化學技術為基礎，尋求本土性可開發藥用植物及本所培養之食藥用菌絲體，進行檢測、鑑定、篩選、分離及分析具有市場價值之特用化學物質，進而開發高價衍生化合物，並研發實驗室新製程，移轉至中間實驗室進行製程放大與量化生產。專長領域包括分子生物學，蛋白質純化，化學分析與鑑定，天然物有效成分之單離及純化，有機化學合成。  

（四）產業資訊組：任務主要協助研究開發所需之資訊資源提供及研究成果之智慧財產管理、應用。研究方面協助事業部及研發部門進行研究計畫執行所需之產業資訊蒐集/分析暨專利檢索/分析，並提供研發所需資料之知識管理系統及相關資訊管理作業流程與環境。智慧財產方面包括研究業務之對外窗口，研究成果之智慧財產權的管理維護、推廣、技術移轉(授權)、圖書館業務（館際合作）等服務。本所自民國98年即已通過經濟部「台灣智慧財產管理系統」（TIPS）驗證，為經濟部國營事業...