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本局屬公務機關，配合2018年6月6日修正公佈之『科學園區設置管理條例』，將「科學工業園區」之「工業」二字刪除，爰再於2019年12月11日修正公佈『科技部南部科學園區管理局』。

科技部南部科學園區管理局，下設局長、副局長、 主任秘書及 投資組、 工商組、 環安組、 營建組、 建管組、 企劃組、 秘書室、 人事室、 主計室、 政風室等10個組室，綜理整個園區事務，各組室功能。